Seit dem 16. Jahrhundert wurden im Harz vor allem Silber, Eisen, Kupfer, Blei und Zink abgebaut. Noch heute wird der Harz mit dem Bergbau in Verbindung gebracht, aber auch das Hüttenwesen beschäftigte die Harzer Bevölkerung. Aufgrund der Förderung und Weiterverarbeitung ergab sich zwangsläufig eine hohe Nachfrage an Fachpersonal, was letztlich auch ein Grund für die Gründung der Fachschule für leitende Beamte des Oberharzer Bergbaus im Jahre 1775 gewesen sein mag. 1811 wurde die Fachschule in Bergschule umbenannt, woraus am 27.12.1864 die Bergakademie Clausthal hervorging.

Das Corps Hercynia entwickelte sich ebenfalls erst über Vorläufer, so wurde im Jahre 1860 im Kurhaus Erbprinzentanne eine Primanerverbindung gegründet, der vier spätere Gründerburschen des Corps Hercynia angehörten. Zwei Jahre nach Gründung der Bergakademie wurde das Corps Hercynia als freischlagende Verbindung Hercynia unter dem Decknamen "Verbindung zur Beförderung der Gemütlichkeit und Einigkeit unter den Mitgliedern" im Zechenhaus Voigtslust gegründet, da die damalige Akademieordnung die Gründung von Corps und Landsmannschaften verbot. Die fünf Gründerburschen waren die Bergakademiker Hugo Koch, Wilhelm Siemens, Eduard Dozy, Martin Ukena und Robert Biewend. Gründerbursch Hugo Koch und der erste CB des Corps Albert Koch II waren die Brüder des Nobelpreisträgers und Bakteriologen Robert Koch, dessen Geburtshaus noch immer auf dem Kronenplatz steht.

Die Farben der Hercynia waren damals hellblau-weiß-hellblau (die aktuellen Clausthaler Stadtfarben) und der Wahlspruch lautete "Famam extendere factis hoc virtutis opus".

Gleichzeitig gab es eine erste Satzung, aus der 1874 die erste Konstitution des Corps Hercynia hervorging. Wichtige Eckpfeiler des Corps sind bis heute das Toleranzprinzip, die unbedingte Ehrhaftigkeit des einzelnen Corpsbruders und dass das Corps ein Bund auf Lebenszeit ist, der sich durch den Test der Mensur beweist.

Die erste Mensur fand am 15.11.1866 in Göttingen statt, Gründerbursch Ukena focht damals mit dem Bergakademiker Häberle. In Clausthal wurden dann seit 1867 Mensuren ausgetragen.

Ein weiterer wichtiger Eckpunkt der Corpsgeschichte war die SC-Gründung durch das Corps Hercynia und das spätere Corps Montania am 11.07.1868.

1870 mußte das Corps zum ersten Mal wegen Aktivenmangel suspendieren, der Deutsch-Französische Krieg verhinderte eine normale Mitgliederentwicklung. Eine zweite Suspension fand im Wintersemester 1877/78 statt.

Hatte das Corps bislang noch im Hotel Rathaus getagt, konnte es im Jahr 1895 ein von AH EM Ukena gestiftetes Corpshaus beziehen, welches am Zellbach 63 stand. 1912 wurde das Corpshaus jedoch abgerissen und ein zweites Corpshaus wurde am Zellbach 5 eingeweiht.

Seit dem 19. April 1900 trägt das Corps Hercynia die Farben hellblau-weiß-dunkelblau.

Die Zeit des Nationalsozialismus war gekennzeichnet durch das Verbot aller Korporationen, was dazu führte, daß das Corps Hercynia seit 1935 nicht weiterbestehen durfte und erst nach dem Krieg 1952 rekonstituiert wurde. Der Verein Alter Herren durfte indes weiterbestehen und so bestand auch während der NS-Zeit ein Kontakt zwischen Aktiven und Alten Herren. Im Krieg ließen viele Corpsbrüder ihr Leben, in Claushal kam das Verbindungsleben offiziell zum Erliegen, da außer dem Nationalsozialistischen Deutschen Studentenbund (NSDStB) keinerlei gemeinschaftliche Aktivitäten der einzelnen Verbindungen geduldet wurden.

Der NSDStB wurde schon 1926 gegründet und setzte seinen Machtanspruch in der Folgezeit mit eiserner Hand durch. 1928 übernahm der NSDAP-Politiker Baldur von Schirach die Führung des NSDStB und vereinnahmte nach und nach die Studenten in Deutschland, auch die klassischen Korporationsverbände. Der Erfolg unter den deutschen Studenten war nicht mehr aufzuhalten: Nach heftigem Widerstand des alten Vorstandes übernahm der NSDStB auf dem Grazer Studententag im Juli 1931 die Führung der Deutschen Studentenschaft (DSt). In seiner Abschiedsrede griff der scheidende Vorsitzende der DSt Hans-Heinrich Schulz (Mitglied des Corps Hildeso-Guestphalia Göttingen) den NSDStB wegen dessen Totalitätsanspruch scharf an und erklärte unter anderem: "In dem Augenblick, in dem eine politische Partei der Deutschen Studentenschaft ausschließlich ihren Stempel aufdrückt, wird man von einer Deutschen Studentenschaft nicht mehr sprechen können". Im Juli 1932 war die Gleichschaltung der DSt vollzogen: Auf dem Königsberger Studententag erschienen die Delegierten in den Uniformen der NSDAP-Gliederungen; an nahezu allen Universitäten stellte der NSDStB den Allgemeinen Studentenausschuss (AStA).(Quelle: Wikipedia)

Unter dem Deckmantel von drei Kameradschaften, in denen die Clausthaler Verbindungen 1937 aufgingen, versuchten sie, der Gefahr einer völligen Zerschlagung ihrer Korporationen entgegenzuwirken. Kameradschaften waren innerhalb des Nationalsozialistischen Deutschen Studentenbundes organisiert und unterstanden durch das "Führerprinzip" wie auch alle anderen Institutionen im dritten Reich direkt der NS-Führungsriege. Um weiterhin frei und ohne eine oberste Direktive dem früheren Verbindungsleben nachgehen zu können, mussten Treffen geheim abgehalten werden, auch die Mensur fand heimlich in Kellerräumen wechselnder Lokalitäten statt. Dieses barg große Gefahren in sich, da im Falle einer Entdeckung durch das NS-Regime empfindliche Strafen verhängt wurden.

Nach dem Krieg schlossen sich Mitglieder der Corps Hercynia und Borussia zusammen und gründeten 1951 das Corps Hercynia-Borussia, 1952 rekonstituierte das Corps Borussia, das Corps Hercynia-Borussia wurde umbenannt in Hercynia, der kurze Weg beider Corps endete hier.

Da das zweite Corpshaus nicht mehr zur Verfügung stand, wurde 1954 der Grundstein für ein drittes Haus in der Adolf-Ey-Straße gelegt. Viele Aktive übernahmen während dieser Zeit Verantwortung für den Hausbau, studiert wurde nur , wenn noch Zeit übrig blieb. Dem unbedingten Willen der damaligen Aktiven und Alten Herren verdanken es die nachfolgenden Generationen, wieder ein Corpshaus zu besitzen. Im Jahr 1955 konnte das Haus eingeweiht werden, 2005 wurde im Rahmen eines Familienfestes das 50.jährige Bestehen des Corpshauses gefeiert. An diesem Tag erinnerte unser EM Schade an den Hausbau, zu dessen Zeit er Senior des Corps gewesen ist.

Eng verbunden ist das Corps Hercynia seit der Unterzeichnung eines Freundschaftsvertrages (01.07.1905) mit dem Corps Franconia Freiberg, das heute den Namen Franconia Fribergensis zu Aachen trägt. Dieser Freundschaftsvertrag wurde am 10.07.1926 durch einen Kartellvertrag ersetzt, welcher ein noch engeres Verhältnis beider Corps zueinander besiegelte. Der Kartellvertrag wurde bei der Hauseinweihung am 17.07.1955 erneuert. Beide Aktivitas unterstützten sich in der Folgezeit und pflegen bis heute ein enges freundschaftliches Verhältnis, das durch gegenseitige Besuche und gemeinsame Aktivitäten geprägt ist.